Pendant que Mégatron emploie les grands moyens pour sauver les Decepticons, les Autobots mènent un combat pour sauver la planète sur Cybertron et à bord de l'Arche.
Alors que les Autobots et les Decepticons s'affrontent au cours d'une terrible guerre civile, deux leaders voient le jour dans cette série sur l'origine des Transformers.