Suite à sa survie de son exécution, un condamné à mort accepte de participer à une expérience. Le gouvernement en profite alors pour tester un nouveau virus extraterrestre...
Motoko est une détective en excellente condition physique, qui excelle au combat physique et qui est prête à tuer un suspect si nécessaire. Misaki est un détective plus cérébral à l'esprit chaleureux. Ces deux femmes sont membres du S.I.T. (Special Investigation Team) du Metropolitan Police Departement et travaillent à la recherche de Jiu, un criminel.